En el primer capítulo del juego, "The Outset", conocemos a Ark, un niño travieso que vive en Christa, el único pueblo del inframundo. Cuando abre una puerta prohibida y toca la misteriosa caja que hay dentro, todos los aldeanos se quedan helados. Bajo el liderazgo del anciano de Crysta, el único que no está maldito, devuelve la vida al continente del mundo de la superficie para descongelar al pueblo.
El camino para salir de su tierra natal está despejado, y por primera vez la humanidad abandona Crysta para explorar las imponentes Montañas de Cristal, enclavadas en el desierto helado y surcadas por ríos de magma. A continuación, supera la prueba de las cinco torres que representan los continentes y revive el continente de la Tierra. Al volver a casa, sus mayores le encargan que vaya al mundo terrenal y resucite a todos los seres vivos. Ark se despide de su amigo de toda la vida, El, y parte hacia el mundo de la luz con el corazón encogido.
En el capítulo 2, "La resurrección del mundo", Ark cruza una grieta dimensional y ve la tierra estéril que una vez fue la superficie de la tierra. Su primera tarea es liberar a los parásitos del árbol gigante Ra. Esto reaviva las plantas de todo el mundo y permite a Ark cruzar las montañas de Guayana. Sigue viajando y revive a los pájaros, al viento, a los animales y finalmente a la humanidad...
Si quieres saber como acaba este juegazo, ve el siguiente walkthrough completo en español de principio a fin: