Mientras los ejércitos del Imperio Eggman arrasan ciudades enteras, Sonic se une a los miembros de la "resistencia" que se oponen a Eggman. Sonic clásico, el homólogo de Sonic en otra dimensión, aparece poco después, habiendo sido traído a la dimensión de Sonic por la misma fuerza que Eggman utilizó para conquistar el mundo. Con la ayuda de sus amigos, un nuevo aliado y Sonic Clásico, Sonic se embarca en una misión para salvar el mundo y acabar con el malvado reinado del malvado Doctor y sus fuerzas.
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