Lara encuentra una ubicación que Trinity ya ha encontrado. Lara toma fotos del lugar para estudiarlas más tarde, y Jonah se une a ella. Mientras inspecciona la ornamentación de la piedra, incluyendo una sección dañada del monolito, Lara accidentalmente activa los explosivos dejados por Trinity, causando el colapso del templo, y escapa. Los dos regresan a Cozumel, donde se celebra el Día de los Muertos. Lara le dice a Jonah que las pistas conducen a Perú. A su regreso a la ciudad, se encuentran con Domínguez, que está acompañado por el comandante Rourke, el líder de las fuerzas de Trinidad, en busca de un templo.
Lara sigue a Domínguez y a Rourke y se abre paso a través de la ciudad y finalmente se adentra en la selva cercana. Al encontrar otra entrada, Lara descubre una cámara en su interior con un mural que representa varios desastres, un tsunami, una tormenta, un terremoto y una erupción volcánica. Cuando encuentra una daga ceremonial, Lara se da cuenta de que Trinity la busca. Jonah le insta a que lo reconsidere en caso de que ocurra algo malo. Lara intercepta un mensaje de Trinidad diciendo que Domínguez está cerca. Lara coge impulsivamente la daga. Un súbito temblor hace que parte del mural que representa el tsunami se desmorone y se rompa. Lara se da cuenta de que ha cometido un error. Llama a Jonás por radio y le advierte que se traslade a un terreno más alto.
Lara se abre paso y lucha contra un grupo de soldados de la Trinidad. Un soldado sorprende a Lara y ella deja caer la daga. Domínguez llega y dice a sus hombres que no hagan daño a Lara. También pregunta por la caja, pero Lara lo rechaza diciendo que está a salvo. Cuando Domínguez se da cuenta de que Lara no tiene la caja, le dice que ella empezó el apocalipsis con la daga. Toma la daga para deshacer el daño que Lara ha hecho y rehacer el mundo a su imagen. Lara se horroriza cuando el primer cataclismo, un tsunami, la golpea. Consigue llegar a un terreno más alto, encuentra a Jonás y le dice que deben llegar a Perú inmediatamente o Domínguez conseguirá la caja primero. Jonah le grita a Lara que tienen que ayudar a la gente que está atrapada antes de hacer nada, dejando a Lara mirando horrorizada la destrucción que ha causado.
Tras conseguir un avión, los dos partieron hacia Perú. Justo antes de llegar a su destino, se produce el segundo cataclismo, una tormenta que parte su avión en dos, separando a Lara de Jonah y haciendo que ambas partes del avión se estrellen. Lara se despierta y se abre paso a través de la densa selva tras encontrar algunas partes del avión estrellado en las cercanías. Lara recibe un mensaje de radio de Miguel, el piloto, que también sobrevivió al accidente y se ha adentrado en la selva.
Lara encuentra a Miguel muerto, habiendo sido devorado por dos jaguares. Mientras se abre paso por el territorio de los jaguares, éstos la atacan; ella consigue matar a uno, tras lo cual el otro desaparece con su cuerpo. Lara va entonces al lugar del accidente del avión y se encuentra de nuevo con Jonah, que también sobrevivió al accidente. Intentando pasar por una entrada derrumbada, Lara es atacada de nuevo por el jaguar, que le destroza la espalda, pero consigue matarlo. Lara y Jonah acamparon para pasar la noche. Lara sueña con su infancia y busca secretos ocultos en la Mansión Croft. Encuentra el estudio de su madre y dentro de él su joyero y su pulsera. Lara oye un disparo y corre al estudio de su padre, donde lo encuentra desplomado sobre su escritorio, muerto.
Cuando Lara se despierta, Jonah ya se ha despertado. Los dos siguen adelante y encuentran la ciudad de Kuwaq Yaku. En un bar conocen a Abby, un mecánico y alcalde de facto del pueblo. Toman una copa con ella y le preguntan por las ruinas de la ciudad, mostrándole fotos. Dice que reconoce uno de los símbolos de un templo cercano. Lara se dirige al templo y le pregunta a Jonás,
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