RAINBOW se creó en 1999 como una nueva unidad multinacional antiterrorista formada por soldados de élite de los países de la OTAN para contrarrestar la escalada del terrorismo internacional. El director de la organización es John Clarke y el jefe de equipo es Din Chavez. El término "Rainbow Six" se refiere a John Clarke, el jefe de esta organización.
Poco después de su formación, RAINBOW rescató a la experta en biología Katherine Winston en la República Democrática del Congo y posteriormente respondió a una serie de ataques aparentemente no relacionados de la organización radical ecoterrorista Phoenix Group. RAINBOW cuenta con la ayuda de John Breitling, presidente de la empresa de biotecnología Horizon, y de Anne Lang, compañera de Breitling en la Universidad de Cornell, en su investigación.
RAINBOW descubre que el Grupo Phoenix ha creado una instalación biológica de nivel 4 en Twin Falls, Idaho, y que los empleados de RAINBOW necesitan trajes biológicos. Después de dominar a los terroristas, Winston descubre que Lang estaba involucrado con el Grupo Fénix; RAINBOW lleva a cabo una exitosa misión de reconocimiento y confirma todas las pruebas que Winston ha identificado. John Clarke descubre que Breitling también estaba involucrado con el Grupo Phoenix. RAINBOW vuelve a realizar una misión de reconocimiento con éxito.
Después de detener con éxito la propagación del virus en los Juegos Olímpicos, Breitling y sus asociados se retiran a las instalaciones de Horizon Ark en la selva brasileña, donde intentan evitar un holocausto. También arrestaron al propio Breitling.
A continuación, os presentamos el walkthrough completo de principio a fin de este increíble juego!: